La Asociación de Empresarias de la Provincia de Cádiz está presidida por Nuria Sánchez Perdigones, que está al frente de una Junta directiva integrada por Isabel Gallardo de Torres, Vicepresidenta de Territorio; Josefa Díaz Delgado, Vicepresidenta de Proyectos; Laura Pinteño Granado, Tesorera, y las vocales Gema García Bermúdez (Jerez), Mª del Carmen Caballero Sánchez Romero (Bajo Guadalquivir), Manuela Barreno Márquez (San Fernando), Rosa Weber Franco (El Puerto de Santa María). Laura Pinteño Granado ejerce, además, la vocalía de el Campo de Gibraltar.

La sede de la Asociación de Empresarias y Profesionales de Cádiz está en Cádiz capital, en el Recinto Interior de la Zona Franca de Cádiz, área empresarial de fácil acceso para las empresarias de toda la provincia. También, desde finales de 2007, AMEP cuenta con instalaciones en la Sierra de Cádiz, que se encuentran ubicadas en Prado del Rey.

Las vocales de la AMEP en los distintos territorios cuentan con autonomía en la toma de decisión en el ámbito local que les compete, siempre y cuando estas decisiones no vayan en contra de las líneas establecidas por la Junta Directiva. Además, tienen como objetivo dinamizar su territorio y la captación de nuevas socias, así como la implantación de nuevas redes empresariales.

Otros órganos de Gobierno de la Asociación de Empresarias de Cádiz son la Asamblea General, constituida por todas las socias, y el Comité Ejecutivo, que está integrado por la Presidenta, las Vicepresidentas y la Tesorera, así como las presidentas de las organizaciones miembros de pleno derecho.

AMEP incluye en su estructura con dos sectoriales: ASECON-CÁDIZ, que aglutina a las empresarias del sector de la construcción de Cádiz, y la Asociación de Mujeres Empresarias Autónomas de Cádiz AMET-Cádiz. La oficina técnica de la AMEP está coordinada por la Secretaria General de la Asociación, Yolanda Pérez Ríos, que tiene funciones ejecutivas y que está al frente del equipo técnico. La oficina técnica está estructurada en distintos departamentos y desde ella se desarrollan todos los proyectos puestos en marcha por la AMEP y se ofrece información y asesoramiento a las empresarias y emprendedoras gaditanas.